Целями деятельности Администрации являются:
1) эксплуатация и развитие внутренних водных путей и гидротехнических сооружений;
2) обеспечение судоходства на внутренних водных путях, безопасности судоходных гидротехнических сооружений.
Для достижения целей Администрация в бассейне внутренних водных путей осуществляет следующие виды деятельности:
1) навигационно-гидрографическое обеспечение условий плавания судов и путевые работы на внутренних водных путях;
2) содержание судоходных гидротехнических сооружений и пропуск судов и иных плавучих объектов через судоходные гидротехнические сооружения;
3) государственный портовый контроль;
4) осуществление мероприятий по обеспечению транспортной безопасности объектов транспортной инфраструктуры и транспортных средств, находящихся в оперативном управлении у Администрации;
5) государственная регистрация судов в Государственном судовом реестре, реестре арендованных иностранных судов, реестре строящихся судов;
6) выдача удостоверений личности моряка;
7) организацию мероприятий по обеспечению мобилизационной подготовки в Администрации и организациях внутреннего водного транспорта, проведение в Администрации мероприятий по гражданской обороне, защите государственной тайны и конфиденциальных сведений, безопасности шифровальной службы;
8) согласование названий судов внутреннего водного транспорта при регистрации их в государственном реестре;
9) дипломирование лиц командного состава судов и членов экипажей спортивных парусных судов;
10) выдача лоцманских удостоверений о праве лоцманской проводки судов;
11) организация проведения работ по ликвидации разливов нефти и нефтепродуктов на внутренних водных путях с судов и объектов речного транспорта;
12) выявление и учет бесхозяйных судов, установление их владельцев;
13) выдача свидетельств о минимальном составе экипажа судна.